såkalte basepar - hver med kodene A, T, C eller G. Denne enorme informasjonsmengden gjemmer seg i hver eneste av cellene i kroppen din. Livets kode ville utgjøre en 100 meter høy bunke med A4-ark dersom den skulle skrives ut. Denne uken blir den offentliggjort i ulike utgaver for første gang. Hver av de trolig rundt 30 000 genene våre består av noen tusen basepar. Hvert basepar utgjør et trinn på den doble DNA-spiralen. Inne i og mellom genene finnes enorme mengder med basepar som ikke har noen funksjon, men som er til forveksling lik genene. Forskernes problem er nå å finne ut hvilke deler av DNA-koden som utgjør aktive gener, og hvilke funksjoner hver av genene har. I dag er dette en meget tidkrevende oppgave som ofte krever kostbare superdatamaskiner.
Rask og billig
Rikshospitalet har utviklet en metode som kan kjøres på en mye billigere PC, og som forskerne hevder er dokumenterbart 10 ganger raskere enn noen av konkurrentene.
Stipendiat Torbjørn Rognes har tatt doktorgraden på utvikling av den såkalte søkemotoren. En søkemotor er et slags dataprogram som automatisk finner det du vil ha i en enorm datamengde.
Denne DNA-søkemotoren er ikke bare rask, men skal også være i stand til å finne deler av arveanlegget som bare delvis ligner det forskerne spør etter. Dette er svært verdifullt i en fase der ekspertene i praksis ikke bare leter etter den velkjente nålen, men faktisk søker etter nesten prikk like strå i en gigantisk høystakk.
Når forskerne etterpå finner ut hvilken funksjon et gen har, kan de også avdekke hva som forårsaker eller forhindrer sykdommer. Det er slik genteknologien er ventet å revolusjonere medisinen og redde liv. Kunnskapen vil gi mer effektiv behandling av både arvelige og andre sykdommer.
Presise og raskere søk
- Søkemotoren har vært svært verdifull i forskningsarbeidet vårt. Det er en fantastisk prestasjon av Rognes å komme seg inn på det hotteste som finnes i verden innen bioinformatikk. Resultatet er både raskere og mer presise søk enn alt annet som finnes på markedet, sier professor og forskningssjef Erling Seeberg ved seksjon for molekylær biologi på Rikshospitalet til Aftenposten. Han har vært Rognes' veileder i arbeidet med doktorgraden.
Torbjørn Rognes har fått den første delen av sin utdannelse på NTNU hos professor Arne Halaas, en av gründerne bak søkemotorselskapet Fast Search and Transfer. Rognes har hentet mye inspirasjon fra søketeknikken som ligger bak den velkjente norske søkemotoren for Internett. Teknikken er deretter spesialtilpasseet for DNA-informasjon.
Problemet med søk i DNA-informasjon er at den ikke kan indekseres (analyseres og lagres alfabetisk) på forhånd, slik for eksempel søkemotorene for Internett kan. Hele informasjonsmengden på tre milliarder basepar må gjennomsøkes for hvert søk. Derfor kan et søk selv med Rikshospitalets superkjappe søkemotor ta minutter eller timer.
Det er Forskningsrådet som har finansiert utviklingen av søkeverktøyet. Nå vil Seeberg og Rognes med støtte fra rådet etablere et firma med navnet Sencel, som skal kommersialisere teknologien. Målet er at Sencel skal få 5-6 ansatte i løpet av året.
Forskningsprosjektet har allerede gjort søk i vårt arvemateriale med søkemotoren gratis for alle. Rognes og Seeberg tror likevel at store farmasøytiske firmaer og forskningsmiljøer vil betale for å kunne kjøre søkemotoren på sine egne, interne informasjonsbaser.
bakgrunn